主な審議内容は、海溝型地震（プレートの沈み込みに伴う地震）を対象に、様々な調査・研究で得られた成果を利用して、地震の発生した位置、発生間隔、過去の地震の履歴、次の地震の発生可能性（地震の規模や一定期間内に地震が発生する確率など）等を評価することです。評価結果は、長期評価部会、地震調査委員会の審議を経て海溝型地震に関する長期評価として公表されています。第Ⅱ期の分科会で行った検討では、平成23年の設置から現在までに、「三陸沖から房総沖にかけての地震活動の長期評価（第二版）について」（平成23年11月）、「南海トラフの地震活動の長期評価（第二版）」（平成25年5月）が公表されています。
なお、南海トラフの長期評価では、新たに地震の発生の多様性等を取り入れた評価を行いました。現在は、相模トラフで発生する地震の長期評価について検討を行っていますが、今後も引き続き、その他の海溝型地震について順次評価を行っていく予定です。
